Управление
- Административно-хозяйственный отдел
- Отдел ветеринарного контроля и надзора
- Отдел Государственного ветеринарного контроля и надзора на Государственной границе РФ и транспорте
- Отдел государственной службы, кадров, делопроизводства, мобилизационной подготовки и связей с общественностью
- Отдел Государственного фитосанитарного контроля и надзора на Государственной границе РФ
- Отдел земельного надзора
- Отдел планово-экономической работы и контрактной службы
- Отдел правовой и контрольно-аналитической работы
- Отдел контроля и надзора в области карантина растений и семеноводства